必要なデータがそろったら執筆を開始する。新種の論文は英語で書くのが一般的である。ある種の日本初記録のような論文だと，関心がある読者は日本人がほとんどだろうから，日本語で書いても問題はないが（実際に日本初記録種の日本語の論文は多数ある），日本初記録（＝分布の拡大）以外に広く世界に伝えたい新知見があれば，英語で書くべきである。
とくに海産魚の新種の場合だと，海は世界中でつながっているため，近い将来に近隣諸国から採集される可能性が高い。英語以外の母国語で論文を書くと，他の国の研究者はその論文を読むために苦労を強いられることになる。いまはインターネットでいろいろな言語が簡単に翻訳できるとはいえ，不慣れな言語を解読するためにかける労力は少なければ少ないほどよい。世界中の多くの人に自分の論文を読んでもらいたいなら，論文は英語で書くしかない。
もちろん，最初からすらすら英語で論文が書けるわけがない。まず日本語で作文し，それを英訳するという進めかたでかまわない。執筆回数が増えるにつれて英語表現の幅も広がり，だんだんと慣れていくものである。大学院生であれば，指導教員の助言を受けながら，徐々に執筆能力を高めていけばよい。要は「習うより慣れろ（Practice makes perfect）」なのである。日本人が英語を母国語としている人たちと同レベルの英語表現を身につけるのは非常に難しい（私自身もそのようなレベルにはないと自覚している）。とくに冠詞（定冠詞，不定冠詞の両方）はそもそも日本語にはない概念なので，真に理解することはできないのではないかとすら思っている。
しかし，たとえば外国人の方がたどたどしい日本語で話しかけてきて，文法的な間違いや，その場にはそぐわないような表現があったとしても，言いたいことは問題なく理解できることがある。英語で論文を書くこともそれと同じだと思う。文法的な誤りやへたくそな言い回しがあったとしても，意味が伝わる英語であれば，受け手は理解してくれる。まずはきちんと意味が通じる英語表現を目指すべきだろう。
後述するが，論文を学術雑誌に投稿する前に英語を母国語とする方に読んでもらい，英文チェックしてもらうのが一般的である。意味がわかる英語で書かれていれば，より適切な表現を提案してくれる。こういう経験を重ねることで英語表現の引き出しを増やしていき，より理解しやすい英語を目指せばよいのではないかと思う。
英語表現を鍛える方法として，日頃から論文をよく読み，目についた便利な英語表現を控えておくというのも有効だろう。この場合，英語表現の向上だけでなく，研究に関する知見も蓄積できるので（むしろ後者が主目的だが），一石二鳥である。また，外国人の方から送られてくる E メールも参考になる。その他にも，書店にはたくさんの英語学習に関する出版物が並んでいるし，テレビやラジオでも英語講座を放送している。自分にあったやりかたを見つけ，長期的な学習を行えば，確実に英語能力は向上していくことだろう。
論文を書く場合，できるだけ簡潔に，短くまとめるのが大原則である。わかりやすさから，ここでは日本語の例を挙げるが，「しかしながら」と「しかし」だと意味はまったく同じである。であれば，より短い「しかし」を使う。わずか 3 文字の違いだが，これを 10 回使うと 30 文字，1 行分程度の違いになる。雑誌によっては論文が規定のページ数を超えると超過頁代が請求される。つまり，はみ出した 1 行のために 1 ページ分の料金を払うことになるかもしれないのである。また，学術雑誌にはできるだけ多くの論文が掲載されるべきなので，その観点からも，できるだけ短くまとめるのが鉄則なのである。
前置きが長くなってしまったが，以下に新種の記載論文を例としながら，大まかな論文の構成を説明したい。
タイトル―できるだけ簡潔に
タイトル（Title）はできるだけ簡潔，かつ論文の内容が端的にわかるようにする。新種の論文ならタイトルにそれほど多くのパターンはないので，慣れないうちは，いろいろな論文を参考にして，どのようなタイプのタイトルにするか決めるといいだろう。よくあるパターンは「A new species of 属の学名 from 採集場所」「学名，a new species of 分類群名 from 採集場所」「Description of a new species of 属の学名 from 採集場所」などである。
もし可能なら，インパクトのあるタイトルのほうがよい。人目を引き，読んでもらえる可能性が高まるからである。新種であること以外にセールスポイントがあるなら，それを前面に出すのもいい。極端な例かもしれないが，1939 年にシーラカンスが新種として公表された論文のタイトルは「A living
fish of Mesozoic type」である。Mesozoic の意味は「中生代の」である。他は簡単な単語だし，原文の印象を感じてほしいので，あえて和訳しない。極めて簡潔で，ここには新種の学名や採集場所などは一切でてこないが，最も重要な事実である，中生代に絶滅したと思われていた分類群が生き残っていたことが伝わるタイトルとなっている。さらに，シーラカンスという名前すら入っていないため，どんな分類群が見つかったのか，論文を読んで確かめたいという気持ちになる。みなさんはどう感じただろうか。
要旨―論文の内容をまとめる
要旨（Abstract）には全体の内容を簡潔に示す。文章としては論文のなかでいちばん始めに登場するが，全体の内容が固まらなければ要旨は非常に書きにくい。逆に言えば，論文の他のセクションが完成した後なら，とくに苦労することなく書くことができるので（そうでなければおかしい），要旨の執筆は最後にするのが効率的だろう。もちろん私もそうしている。
イントロダクション―研究の背景を示す
イントロダクション（Introduction）では研究の背景として，標本が得られた調査の概要，当該種が含まれるグループの特徴，新種と考えられる根拠などを簡潔に紹介する。私の場合，このセクションも論文作成の終盤（要旨執筆の前）に書いているが，論文の構想がきちんとまとまってから書き始めるのであれば，序盤でも執筆できるだろう。
材料と方法
材料と方法（Material and method）では，標本がどこに保管されているか，研究機関の名称がどのような略号で表されているか，標本の計数・計測方法はどの研究に従ったかなどを明記する。観察した新種の標本の採集データ自体は「材料と方法」に含めず，「記載」の前に，ホロタイプ，パラタイプ，それ以外の標本（ノンタイプ（non-type）とすることが多い）に分けて列記する。新種以外の論文では，「観察標本（Material
examined）」の項目を設け（「材料と方法」に含める場合もある），そこで標本データを示すこともある。
記載―種の特徴を列記する
記載（Description）では観察した標本の諸特徴を書いていく。見たままに書いていくだけではあるが，どのように文章として表現するかで悩むこともある。
記載を書く前に，ホロタイプとする標本を決める。一般的な書きかたとして，基本的にはホロタイプとする標本に基づいて記載し，もしパラタイプとすべき標本があって個体変異が確認されれば，ホロタイプとは分けて，括弧書きする。ホロタイプとパラタイプを分けずにまとめて変異を示した場合，もしパラタイプに別種が混じっていたら，その記載は 2 種に基づいて書かれたことになり，種の特徴が正しく伝わらない。
記載の前に
標徴（Diagnosis）を示す。標徴とは，当該種を同属他種などから識別することのできる特徴のことである。記載のダイジェスト版と考えるとわかりやすいだろう。
