殺藻物質の同定は従来の天然物化学と同じ手法により行います。すなわち、殺藻細菌を培養し、生産物を抽出して、殺藻活性を指標に各種クロマトグラフィーで精製していきます。精製できたら、質量分析や核磁気共鳴などの各種スペクトル解析で構造を決定します。
しかし、これは培地という自然環境とは全く異なる外敵もいない高栄養の状態であり、また殺藻の対象となる微細藻類も存在しないという特殊な環境です。その様な状況で生産された物質が実際の殺藻現象に関与するのかどうかはこの時点ではまだわかりません。また、この物質を農薬の様に散布するという使い方はコスト面および環境負荷面で望ましくありません。
