殺藻活性を示した細菌から、種同定に必要な遺伝子領域(16S rRNA配列)をPCRで増幅します。次に増幅したDNAをシーケンサーで配列決定します。得られた配列はデータベース検索する事で、最も似ているものを探します。
これまでに海洋からはAlteromonas属など、湖沼からはPseudomonas属などの多くの殺藻細菌が見つかっています。いずれの場合も比較的培養が容易な細菌種が多いようです。これらは研究室では殺藻現象を起こしますが、本当に自然環境でも起こしているかはこの時点ではまだわかりません。