厚岸臨海実験所は、厚岸道立自然公園の中に位置し、恵まれた自然を生かした海洋生態学の研究・教育を行っている。理学部学生の臨海実習をはじめ、全国の大学生を対象とした公開臨海実習や、他大学の実習も毎年行われているほか、国内外のいろいろな分野の研究者が研究に利用している。教員2名、技術職員2名が常駐し、厚岸湾・厚岸湖の生物多様性と生態系の変動、海草や海藻をめぐる動植物の種間相互作用、陸上生態系と沿岸生態系の相互作用などに関する研究を行っている。また、野外調査やリモートセンシングなどを統合的に利用した広域かつ長期にわたる観測により、近年その進行が心配される地球温暖化に伴う海洋生態系の変化について、その予測と評価に取り組んでいる。