GMTでは、データファイルを読み込んで、図を作成し、図ファイルを出力します。このような作業に必要なファイルを、作業用フォルダにまとめると整理しやすいです。
頻繁に使うので、GMT_exeフォルダのショートカットをデスクトップ上に置きましょう。