ここでは脊椎動物の進化の系統について考える。脊柱骨の中に脊髄や脊索が通っている器官が脊椎である。脊椎動物で最も原始的なものがヤツメウナギと考えられている。ただし、現存するヌタウナギが脊椎動物の祖先と同じとはいえない。現存しないが、進化の歴史のどこかで脊椎を得た動物(脊椎動物の祖先)が生まれ、それがヤツメウナギや他の脊椎動物に分化したと考えるべきである。ヤツメウナギが脊椎動物の共通の祖先に近い種なのか(あまり分化しないで現在に至っているのか)を探るには、脊椎動物ではないが、現存する近縁種(例えば頭索動物のナメクジウオ)と比べて一致点が多ければ祖先種に近いと推測される。これには体の形態の特徴を比べたり、DNAを比べる手法が用いられている。ヤツメウナギに似た生物化石が残っていれば、共通の祖先や分化時代を探る重要な証拠となるだろう。そして、祖先種から、どのように分化して現在の種に至ったのかを辿るのである。
