海洋調査部は設立以来、新造船の高度化された調査研究設備の維持・管理にあたるとともにそれら設備を活用した種々の実習プログラムを企画・実行し、教育・研究・調査活動に大きく貢献しています。また、環境省や水産庁からの委託業務事業、国立環境研究所（環境省）との研究・協力協定に基づいた連続モニタリング調査において主動的な役割を果たしています。
海洋調査部は現在、3名の部員によって活動しています。実習航海では乗船実習生の皆さんに海洋観測・調査技術や船上での海水分析についての講義を提供しています。また、学内外からの研究者・教員が多く乗船される研究航海では「おしょろ丸」の最先端海洋観測技術支援を行っています。一方、「おしょろ丸」が函館の専用岸壁にいる間は観測機器類や機材の整備・次航海のための機材準備を行うと共に、教育・研究プラットフォームとしての役割を果たせるよう、乗船者と船側（運航担当）との橋渡し・窓口業務を担当しています(図2)。
