
このように色が単調で、コンター線が無い図になってしまいましたか?
カラーパレット作成の命令文: gmt makecpt -Crainbow -T0/70/5 -Do > %PathName%contour.cpt
数値範囲が0~70、幅が5 に指定されていますね。
この作図で使用したデータファイル(xyDATA-9-3.txt)を確認してください。
gmt pscontour %xyDATA% -i0,1,2 ~~ にて、データを読み込み、
X軸を0列目(時間)、Y軸を1列目(水深)、データを2列目(NO2+NO3)に指定しました。

データ列(i=2)の値を見てください。10未満が多く、最大でも17です。
gmt makecpt -Crainbow -T0/20/2 -Do > %PathName%contour.cpt
くらいにカラーパレットの範囲を調整するとよいでしょう。